La Chiesa fu fondata nel medioevo per i monaci Celestini dell'ordine di Celestino V e nel dodicesimo secolo passò ai Benedettini,ed alla fine del quattrocento fu affidata ai frati Francescani da papa Sisto IV.I frati a seguito della definitiva acquisizione e conseguentemente al diffondersi della notizia che la chiesa contenesse la memoria del martirio di S.Pietro provvidero a far abbattere il vecchio edificio per costruirne uno nuovo .La chiesa fu eretta ad opera dei reali di spagna Ferdinando V e Isabella di castiglia tra il 1481 e il 1500 , ma per la mancanza dei documenti e ricevute dell'epoca l'attribuzione è incerta.La ricostruzione fu affidata sulla base dello stile architettonico a Baccio Pontelli per la pianta interna ,e alla scuola di Andrea Bregno per l'elegante facciata rinascimentale a timpano a due ordini sovrapposti,con un rosone gotico centrale ed una scalinata a doppia rampa che si immette nella chiesa,lateralmente si notano i volumi delle cappelle interne.
Al centro del chiostro adiacente alla chiesa si erge il bellissimo tempietto del Bramante, considerato uno dei manufatti maggiormente rappresentativi dell'architettura Italiana del rinascimento.Costruito con pianta centrale con basamento a tre gradini e sedici colonne che sorreggono una loggia e la cupola sovrastante,Eretto tra il 1502 e il 1509 da Donato Bramante .Le visite sono attualmente organizzate in orari e giorni stabiliti dalla reale accademia di spagna Tel.06.5812806
La Chiesa di S.Pietro in montorio è legata ad uno dei momenti più salienti della storia dell'Irlanda l'episodio è noto come la (fuga dei Conti ) avvenuto all'inizio del 17°secolo.
Nel 17°secolo sotto la monarchia dei tudor,la corona britannica rafforzò i tentavivi di imporre il proprio dominio amministrativo sull'irlanda e di estendere la riforma Protestante ad un popolo irlandese che continuava in prevalenza a prestare fede all'autorità della chiesa di Roma.
Queste politiche inglesi in Irlanda scatenarono un duro conflitto tra l'esercito della corona Britannica ed i rappresentanti delle antiche dinastie irlandesi il cui sistema politico e le tradizioni pastorali risalirono all'antichissima civiltà celtica dell'età del ferro.
Le figure più importanti della parte irlandese nella "guerra dei nove anni"
furono Hugh O' neill,Conte di Tyrone ,le cui terre si estendevano su gran parte dell'attuale territorio dell'irlanda del nord, e Hugh O' Donnell Conte di Tir Conaill (Donegal).O' Neill si rivelò un generale molto abile ed infisse varie sconfitte alle forze Britanniche.Considerato un campione di cattolicesimo,O'Neill fu sostenuto militarmente nella sua campagna da una forza di invasione inviata in Irlanda da Re Filippo di Spagna nel 1601.Le truppe sbarcarono a Kinsale,sulla costa meridionale dell'Irlanda,ma il tentativo dei nobili dell'Ulster di aiutare militarmente i sostenitori spagnoli culminò in una decisiva sconfitta per le forze irlandesi nella battaglia di kinsale (1601).
Al termine del conflitto seguì un periodo molto incerto che lasciava i conti irlandesi con la convinzione che la loro proprietà e la loro vita fossero inerosalmente a rischio.Nel settembre 1607 O' Neill e i Capi Clan
dell'ulster accompagnati da 90 seguaci salparano segretamente dall'irlanda nel tentativo di assicurarsi l'appoggio militare del Re di Spagna per organizzare una nuova spedizione.Spinti fuori rotta a causa di una tempesta,sbarcarono sulle coste della Francia e da quì vennero fatti proseguire in direzione di Roma dove furono accolti come ospiti del Papa.Dopo il suo arrivo a Roma nel 1608,O' Neill perseverò nei suoi piani per organizzare una nouva spedizione militare per invadere l'irlanda, Ma anzichè intraprendere nuove ostilità al suo fianco contro gli inglesi,la Spagna preferì tuttavia tenere O' Neill come una potenziale risorsa contro l'Inghilterra .O'Neill morì a Roma nel 1916 lasciando il suo progetto incompiuto.I suoi resti furono sepolti nella Chiesa di S.Pietro in Montorio dove la semplice lapide che ne testimoniava la presenza sparì nel diciannovesimo secolo.Tuttavia due pietre tombali elaborate ,legate ai Conti si trovano oggi sul pavimento della chiesa,l'una per commemorare Rory O'Donnell,Conte di Tyrconnel e suo fratello Cafarr,morti nel 1608,l'altra per ricordare il figlio maggiore di o' Neill Barone di Duugannon morto nel 1609.La "fuga dei Conti" rappresenta una svolta cruciale nella storia dell'Irlanda segnando la fine dell'antica potenza Gaelica e la totale conquista del paese da parte della Corona Britannica che si protrasse fino alla creazione dello stato Irlandese indipendente nel 1921.L'episodio aprì anche la strada ad un'estesa colonizzazione britannica dei territori dei conti che culminò con la creazione dell'Irlanda del nord.Questa colonizzazione generò attriti tra le due tradizioni che ci si augura siano stati superati con successo,quattrocento anni dopo la Fuga,grazie al processo di pace Irlandese.